Die neue Version 5.1 von TrueCrypt bietet nun erstmals die Verschlüsselung der Systemfestplatte. Der TrueCrypt Boot Loader ist im Boot Block integriert und wird somit vor dem Start des Betriebsystems geladen. Dadurch sind alle Informationen, insbesondere auch temporäre Dateien, Informationen über benutzte Programme und Dateien verschlüsselt. Auch bereits bestehende Windows Systeme können auf diese Art und Weise verschlüselt werden.
Die Software ist OpenSource und bietet die gleichen Verschlüsselungs Algorithmen, die zum Beispiel auch von der National Security Agency für geheimste Informationen benutzt werden.
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